Scale-free dynamics of COVID-19 in a Brazilian city.

A common basis to address the dynamics of directly transmitted infectious diseases, such as COVID-19, are compartmental (or SIR) models. SIR models typically assume homogenous population mixing, a simplification that is convenient but unrealistic. Here we validate an existing model of a scale-free fractal infection process using high-resolution data on COVID-19 spread in São Caetano, Brazil. We find that transmission can be described by a network in which each infectious individual has a small number of susceptible contacts, of the order of 2-5. This model parameter correlated tightly with physical distancing measured by mobile phone data, such that in periods of greater distancing the model recovered a lower average number of contacts, and vice versa. We show that the SIR model is a special case of our scale-free fractal process model in which the parameter that reflects population structure is set at unity, indicating homogeneous mixing. Our more general framework better explained the dynamics of COVID-19 in São Caetano, used fewer parameters than a standard SIR model and accounted for geographically localized clusters of disease. Our model requires further validation in other locations and with other directly transmitted infectious agents.

Incidencia De Reinfeccao Por Sars-Cov-2 Em Doadores De Sangue Do Estado De Sao Paulo No Ano De 2021

Objetivos: O objetivo do estudo foi determinar a incidencia de possiveis reinfeccoes por SARS-CoV-2 em doadores de sangue de um hemocentro publico referencia da Organizacao Pan-Americana de Saude, localizado no estado de Sao Paulo. Material e Metodos: O presente trabalho utilizou os dados de um estudo de coorte prospectivo, com a coleta de amostras de sangue e saliva de 152 doadores de sangue, no periodo de julho de 2021 a janeiro de 2022. Desse total, 107 sao casos que tiveram sorologia previa positiva para SARS-CoV-2 e 45 sao controles negativos. Os participantes foram acompanhados em quatro visitas ao hemocentro, a cada dois meses, para a coleta de amostras e relatos de sintomas e vacinacao. Posteriormente, foram realizados testes sorologicos e RT-PCR em tempo real para deteccao de SARS-CoV-2 em todas as amostras. Resultados: Dos 152 participantes, 13 (8,6%) apresentaram resultados de RT-PCR positivos para SARS-CoV-2, sendo observado 7 casos de possiveis reinfeccoes e 6 casos recem-infectados. Avaliando apenas os participantes positivos, 8 (61,5%) sao do genero feminino e 5 (38,5%) do genero masculino. 100% dos participantes positivos alegaram estarem vacinados com ao menos duas doses da vacina para COVID-19, 2 (15,4%) declararam sintomas de COVID-19 durante a coleta de amostras, enquanto 11 (84,6%) negaram a presenca de sintomas. Com relacao a faixa etaria dos participantes infectados, 2 possuiam de 19-28 anos, 4 de 29-38 anos, 3 de 39-48 anos, 3 de 49-58 anos e 1 doador de 62 anos. Discussao: Foi evidenciado a possivel reinfeccao por SARS-CoV-2 em 7 participantes, como tambem 6 novas infeccoes nos casos controle. Tal achado, associado com o fato de que todos os participantes positivos estavam vacinados no periodo em que as amostras foram coletadas, sugere a tendencia de que mesmo com a vacinacao ainda e possivel infectar-se pelo virus, alem de que a infeccao previa nao confere imunidade duradoura, o que foi constatado tambem em outros estudos. Todavia, e interessante destacar que a maioria dos participantes infectados foram assintomaticos (84,6%), o que propoe que a vacinacao promove a diminuicao da gravidade dos casos. Os nossos achados tambem demonstraram que nas faixas etarias de 29 a 59 anos houveram mais participantes infectados, sendo justamente as faixas etarias expostas a situacoes de risco, possivelmente devido a necessidade de locomocao e trabalho. Ademais, o numero apresentado de casos positivos pode ser em razao da diminuicao das restricoes de distanciamento social. Conclusao: As nossas analises, apesar de apontarem para o surgimento de novos casos de SARS-CoV-2 na populacao estudada, confirmaram o importante papel da vacinacao, visto que foi observado a diminuicao de individuos sintomaticos e casos graves. Por fim, em nossos resultados preliminares foram constatadas provaveis reinfeccoes pelo virus, nas quais serao necessarios testes adicionais para confirmacao desse achado. Copyright © 2022

Analise De Fatores Sociodemograficos Para Producao De Anticorpos Igg Anti-Spike Em Doadores De Plasma Convalescente Na Cidade De Manaus

Objetivos: A COVID-19 foi a doenca que causou o quadro de pandemia, ocasionando diversos casos e obitos ao longo do mundo. Uma estrategia para o tratamento de quadros graves da COVID-19 foi o uso de plasma convalescente, obtido de doadores convalescentes da doenca, com alta producao de anticorpos, de forma a permitir a neutralizacao do virus e melhora no quadro clinico. Embora muitos estudos destaquem o uso do plasma convalescente, poucos descrevem propostas para coletar plasma com concentracao de anticorpos anti-Spike aceitaveis para o uso em individuos acometidos com a forma grave da COVID-19. Dessa forma, o objetivo deste estudo foi avaliar os fatores sociodemograficos ligados a producao de anticorpos IgG anti-Spike em candidatos a doacao de plasma convalescente na cidade de Manaus-AM. Material e metodos: Foram incluidos no estudo 123 candidatos a doacao de plasma convalescente, do genero masculino, que tiveram o diagnostico da COVID-19 30 dias antes da doacao, sem historico de vacinacao previa. Foi realizada uma coleta de 4 mL do sangue periferico para obtencao do soro, utilizado para quantificacao de anticorpos IgG anti-Spike por quimioluminescencia, expressos em AU/mL, atraves do kit Architect SARS-CoV-2 IgG II Quant (Abbott). Os doadores foram segregados com base na concentracao de anticorpos em baixa producao (< 50 AU/mL), producao intermediaria (50-1,280 AU/mL) e alta producao (> 1,280 AU/mL), segundo informacoes do kit, e recomendacao internacional. Os dados sociodemograficos de idade, genero, cor de pele, indice de massa corporal (IMC), uso de ventilacao mecanica e dias internados foram utilizados para fins de comparacao entre os grupos. Foi realizado o teste de ANOVA, Qui-Quadrado e teste exato de Fisher para comparacao dos dados sociodemograficos, alem dos testes de correlacao de Spearman. Resultados: Nossos dados demonstraram uma maior prevalencia de doadores com alto indice de IMC na populacao de alto produtores de anticorpos (p = 0.0254). Alem disso, tambem observamos que a concentracao dos anticorpos IgG anti-Spike apresentou grau de correlacao positiva com a idade (r = 0.240;p = 0.008) e IMC (r = 0.247;p < 0.006). Discussao: Nossos resultados demonstram uma relacao entre a idade e o IMC na producao de anticorpos anti-Spike em doadores convalescentes com alta concentracao de anticorpos. Essa relacao pode estar atrelada a efeitos de imunomodulacao, bem como ao grau de lesao tecidual e sistemico apresentado pelos pacientes mais velhos e/ou com maior IMC. A relacao desses fatores com a producao de anticorpos ainda e uma area pouco explorada, o que salienta a necessidade de compreender os mecanismos imunologicos associados a producao de anticorpos, junto com a protecao dos pacientes convalescentes. Conclusao: Nosso estudo demonstrou que o IMC dos acometidos pela COVID-19 pode contribuir para a alta producao de anticorpos de classe IgG anti-Spike. No entanto, estudos adicionais sao necessarios para compreender os aspectos imunologicos associados a maior protecao da populacao, bem como producao de anticorpos com maior eficacia pelos individuos acometidos pela COVID-19. *AM e AGC contribuiram igualmente para este trabalho. Copyright © 2022

Coronavirus from cities to forests: mapping vulnerable interfaces and hotspots for SARS-CoV-2 spillover from humans to biodiversity

Background: With the continuous spreading of SARS-CoV-2 globally, the probability for interactions between humans who are infected and wildlife tends to grow intensely, as well as the likelihood of viral spillover from humans to biodiversity. This aspect is of great concern for wildlife conservation and human health, because the list of highly susceptible animal groups that have contracted SARS-CoV-2 (bats, mustelids, and primates) is large and, once infected, these groups can act as vectors and reservoirs, becoming a substrate for viral mutations and recombinations and boosting the risk of new strains emerging, which can return to humans as new diseases. Little is known about the inducing factors facilitating coronavirus spillover from one species to another, but it can be argued that interface zones between wild fauna and humans, which are narrow edges between anthropic (cities, roads, parks, ecotourism sites, and agricultural frontiers) and sylvatic habitat, are zones of increased interaction between humans and wild animals, and thus have a higher probability of viral spillover events than other areas. In a similar context, the habitat compression by forest fragmentation also brings species and infected beings closer, reducing their home ranges and intensifying the risk of spillover among wild populations. Therefore, on the basis of the premise for zoonosis—the greater human–animal interaction, the greater risk of viral spillover—we aimed to identify the most and least susceptible areas to viral spillover in Brazil. Methods: We developed an approach combining ecological modelling (Biomod2: modelling habitat suitability for 158 bat and 49 primate species) and geographical information systems (by using demographic indicators, roads, and related variables) to map the most and least susceptible areas to spillover in Brazil. This map indicates priority areas for serological surveillance of fauna for monitoring the spillover and circulation of SARS-CoV-2 strains and variants in Brazilian biodiversity. Findings: Among our most relevant preliminary results, we found that forested areas surrounding the São Paulo Metropolitan Area are among the most susceptible areas for spillover. This resulted from the combination of high contaminated human density and high density of non-human primates interacting with humans in these transitional areas. Interpretation: Because of the high resolution of the results, the map can be useful for action planning and decision making in conservation and health, since susceptible areas denote not only a greater risk of virus jumping from humans to animals, but also of coronaviruses returning from fauna to humans in new viral strains. Funding: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP;2019/12988-7 and 2018/14389-0).